Détection de Cmm sur semences de tomates, une méthode proposée par le GEVES et officialisée
Le chancre bactérien causé par la bactérie Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) est l’une des maladies les plus dévastatrices sur tomate. Cet agent pathogène vasculaire pénètre dans les plantes par des ouvertures naturelles ou à la suite de blessures. Il prolifère dans le xylème et peut infecter les semences de tomate. La transmission de cette bactérie aux semences favorise la propagation de la maladie en particulier de parles échanges de semences à l’international.
Le règlement UE « Santé des Végétaux » prévoit différentes dispositions pour lutter contre la propagation des agents pathogènes sur les territoires de l’Union Européenne. Les contrôles sont réalisés dans chaque état membre par les laboratoires agréés ou le LNR qui est chargé de proposer des méthodes à l’officialisation par le ministère en charge de l’agriculture. Plusieurs LNR ont été désignés en France sur différents mandats. Les laboratoires de l’unité Détection de bioagresseurs du GEVES portent des mandats correspondant à des organismes réglementés non de quarantaine sur une matrice prépondérante, les semences.
Dans ce cadre, la méthode GEVES M-GEVES/SV/MO/006 permettant la détection de Cmm sur semences de tomate a été officialisée par le ministère le 30 septembre 2022 (https://info.agriculture.gouv.fr/gedei/site/bo-agri/instruction-2022-740).
Cette méthode qualitative comprend une première étape d’extraction et d’isolement des bactéries suspectes sur milieux semi-sélectifs, puis une deuxième étape d’identification des colonies suspectes par qPCR suivie d’une troisième étape de confirmation par un test de pathogénicité sur plantes. Le processus suivi dans cette méthode est identique à la méthode ISHI version 5, à l’exception de la SE-PCR.
La précédente méthode officielle (ANSES MA049 v4) présente le même mode opératoire, à l’exception de la partie confirmation par qPCR. En effet, dans cette méthode GEVES l’étape de confirmation par qPCR est effectuée avec deux qPCR en duplex : PTSSK/Wu et MVS21/Wu décrites dans la méthode ISHI-Veg. Ces nouvelles qPCR apportent l’avantage de réduire le risque de résultats faux négatifs de par l’utilisation d’un témoin interne d’amplification permettant d’assurer que l’extraction d’ADN et l’amplification se sont bien déroulées.
L’officialisation de cette méthode est le fruit d’un travail collaboratif au sein de l’unité détection de Bioagresseurs du GEVES.
