Le pôle Génotypage utilise des techniques de biologie moléculaire (électrophorèse et amplification par PCR) pour mener à bien les études variétales qui lui sont confiées. Le pôle se trouve sur le site du Magneraud.

Activité électrophorèse :

L’électrophorèse, développée depuis 1981 à la station du Magneraud, est utilisée officiellement depuis 1993 pour les études de Distinction d’Homogénéité et de Stabilité. Ces techniques servent à l’identification officielle des variétés de blé tendre et dur, de maïs, de colza, de soja et de pois dans un but d’inscription au catalogue officiel français et de protection d’obtention végétale. L’électrophorèse intervient également pour les contrôles variétaux, pour l’identification des variétés dans un mélange de semences, les contrôles de pureté variétale d’un lot et la détection d’éventuelles dérives génétiques ou des lots aberrants.

Activité biologie moléculaire :

Les techniques réalisées à BioGEVES permettent la caractérisation des variétés déposées en étude pour une inscription au catalogue national ainsi que des collections de référence en élaborant des profils génétiques à l’aide de marqueurs moléculaires. Ces profils sont regroupés au sein d’une base de données et permettent par la suite de répondre aux interrogations suivantes :

• Contrôle d’identité variétale pour des demandes réalisées par le SOC ou pour comparer des lots destinés aux analyses VATE et DHS, des lots de maintenance ou d’approvisionnement.
• Contrôle de pureté variétale d’un lot de semences
• Contrôle de conformité des hybrides en vérifiant leur formule parentale.
• Gestion des collections de référence : la comparaison des distances génétiques et morphologiques calculées au sein d’une espèce apporte une aide aux expérimentations réalisées au champ.

Les différents marqueurs moléculaires :

Grâce aux progrès scientifiques et technologiques réalisés ces dernières années, de nombreux marqueurs moléculaires sont désormais disponibles et sont choisis en fonction du matériel à analyser et des questions posées. Parmi ces marqueurs on trouve par chronologie d’apparition au laboratoire :

• Les isozymes
• Les ISSR (Inter Simple Sequence Repeats)
• Les microsatellites ou SSR (Single-Sequence Repeat)
• Les SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

Le pôle biochimie réalise des analyses dans le cadre des études techniques réglementaires nécessaires à la mise sur le marché des nouvelles variétés ainsi que des analyses pour évaluer la qualité des semences en vue du commerce national et international.

Le pôle biochimie contribue également au développement et à l’harmonisation des méthodes d’analyses : il développe et adapte des méthodes pour répondre aux besoins de la filière semences. Ce pôle anime des circuits interlaboratoires auprès de laboratoires français et européens.

Domaines de compétences 

• Analyse de la composition biochimique

En divers constituants :
-Glucosinolates, sinigrine, sinalbine
-Composition en acides gras
-Tanins
-Facteurs antitrypsiques
-Vicine-Convicine
-Eau
-…

Sur différents tissus végétaux :
Grains / Semences / Fourrages / diverses parties végétales

• Activités de recherche méthodologique

Le pôle biochimie est impliqué chaque année dans des projets de recherche méthodologique. Les principaux axes sont l’amélioration, le développement et la standardisation de nouvelles méthodes, sur des nouvelles espèces et/ou sur de nouveaux composés. Ces projets de recherche méthodologique sont destinés à l’évaluation de la qualité technologique des variétés et des semences.

• Animation de circuits interlaboratoires

Depuis 2008, le pôle regroupe les activités de détection faisant appel à des techniques de biologie moléculaire. La détection et la quantification d’OGM et de pathogènes représentent à ce jour un part important de l’activité. Pour ces deux thématiques, le pôle détection réalise les analyses, élabore et optimise les protocoles. Il mène à bien des programmes de recherche finalisée.

Domaines de compétences :

• Détection et quantification d’OGM
• Identification et détection de pathogènes (semences)
• Détection de gènes de résistance aux bioagresseurs
• Mise au point et adaptation de méthodes

Activités de routine :

• L’activité détection d’OGM est basée sur l’utilisation de la PCR en temps réel, 24 méthodes sont utilisées en routine.
• L’activité détection de pathogènes et autres séquences utilise essentiellement les techniques de PCR
  • 10 protocoles PCR point final
  • 1 protocole PCR temps réel
  • 2 protocoles BioPCR (enrichissement sur milieu semi-sélectif, PCR sur lavage de boite)

Activités de recherche :

Le laboratoire est impliqué dans des programmes de recherche, en interne et en partenariat avec des consortiums nationaux / internationaux.
Dans le cadre des activités spécifiques au GEVES, l’équipe met au point et améliore les méthodes de biologie moléculaire nécessaires à la détection de cibles d’intérêt.
Elle collabore au sein de réseaux internationaux afin de valider et standardiser les méthodes appliquées. Pour cela l’équipe organise ou participe à des circuits interlaboratoires.