• sont durables depuis plusieurs dizaines d’années :
  • le gène Are de résistance au Colletotrichum sur haricot, utilisé depuis plus de 60 ans, mis en évidence à l’Université de Cornell. Son introgression dans le matériel français dès 1960 démontre l’intérêt de sélectionner des gènes de résistance aux champignons. On constate ensuite une disparition des races surpassant le gène Are.
  • les gènes de résistance aux maladies de la tomate : Tobacco Mosaïc Virus, TMV, Tomato Spotted Wilt Virus, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (stabilisation des races 0, 1 et 2), Fusarium oxysporum f. sp radicis lycopersici, Verticillium (stabilisation de la race 0), Passalora fulva (stabilisation des races 0 et 2-4-5), Pseudomonas tomato, Stemphylium sp… L’utilisation quasi-totale d’une résistance, pourtant mono génique, le gène Tm 2², depuis 50 ans chez la tomate, a conduit à la disparition en France du bio agresseur, le TMV.
  • ceux du piment : les gènes L1, L2, L3, L4 de résistance au TMV race 0 et Pepper Mild Mottle Virus,
  • ceux du melon : résistance au Melon Necrotic Spot Virus (MNSV, genre Carmovirus), Zucchini Yellow, Mosaic Virus, ZYMV, Fusarium oxysporum (stabilisation des races 0, 1, 2 et 1-2),
  • ceux de la laitue : gène mo1 et mo1² de tolérance au Virus de la Mosaïque de la Laitue, LMV, et de non transmission par la graine de ce virus.
  • ceux du pois : résistance à la mosaïque commune (Bean yellow mosaic virus, BYMV genre Potyvirus) et au Bean common mosaic virus (BCMV, genre Potyvirus)
  • ceux du concombre : gène de résistance au Corynespora.
• ou ont été contournées et remplacées par un autre gène plus « durable », non surpassé jusqu’ici (Melon et Tomate/Fusarium oxysporum; Piment/Virus Y de la Pomme de terre, PVY…….)
• ou ont été contournées,
  • pendant une période courte à l’issue de laquelle la (ou les) race virulente a disparu (TMV, Passalora fulva, Nématodes/Tomate….),
  • ou dans des conditions autres ou extrêmes (Tomate/Nématodes, Laitue/LMV……) : Il s’ouvre à présent une recherche plus intense de co-construction de facteurs de résistance génétique partielle ou pas avec d’autres facteurs de production (rotation, association avec des cultures d’autres espèces végétales, lutte biologique, bio stimulants des défenses de la plante…).

C’est un des enjeux majeurs qui mobilisent les équipes de sélectionneurs. La sélection a débuté dès les années 1970 chez les espèces autogames. Il s’agit :

• d’introduire une résistance partielle, unique, mise en évidence chez un géniteur (Melon/résistance au Fusarium oxysporum f. sp. melonis race 1-2, Haricot/Pseudomonas syringae pv. phaseolicola),
• de cumuler différentes origines génétiques de résistance (Tomate/Clavibacter michiganense, Haricot/Xanthomonas phaseoli),
• et/ou cumuler des mécanismes de résistance à différents pathogènes (Piment/Phytophthora capsici).

Ces travaux se sont orientés vers la sélection récurrente appliquée à des espèces autogames, pour forcer les recombinaisons de facteurs de résistance et élever le niveau de résistance des populations ainsi obtenues (piment, tomate). Ils se sont développés :

• chez le piment pour la résistance :
  • au Virus de la Mosaïque du concombre, CMV, par cumul de facteurs de résistances partielles de plusieurs géniteurs ;
  • aux Potyvirus : PVY, virus de la marbrure des nervures (Pepper veinal mottle virus, PepVMV, genre Potyvirus) et au Chili veinal mottle virus (ChiVMV, genre Potyvirus).
• chez le melon pour la résistance aux bactérioses (Pseudomonas syringae pv.aptata), au virus de la mosaïque de la pastèque (Watermelon mosaic virus, WMV, genre Potyvirus), au virus de la jaunisse des cucurbitacées (Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV, genre Poleovirus) et à une rouille  (Pseudoperonospora cubensis).
• chez la tomate pour la résistance au Tomato Yellow Leaf Curl virus (TYLCV, genre Begomovirus).

Fin 1980, des résistances polygéniques partielles à des bio agresseurs chez des espèces allogames sont mises en évidence : chou-fleur pour la hernie (Plasmodiophora), carotte pour l’Alternaria, oignon pour Fusarium, Peronospora destructor, Alternaria porri. Ce type de résistance est aujourd’hui introduit dans les matériels commerciaux sans être toujours revendiqués pour éviter des litiges avec les producteurs, s’agissant de résistances partielles.

Des programmes aboutis existent aussi pour :

• la betterave rouge pour la résistance à la rhizomanie,
• la carotte pour Pythium violae, Pythium sulcatum, Psila rosae, les nématodes.
• le chou fleur pour Mycosphaerella brassicicola, Xanthomonas campestris, Pectobacterium carotovorum,
• la courgette pour la résistance à l’Oïdium et aux virus (ZYMV et CMV),
• l’endive pour Pectobacterium chrysanthemi, P. carotovorum et Phytophthora cryptogea,
• le fraisier pour Phytophthora cactorum et Colletotrichum acutatum,
• la laitue pour Bremia lactucae à partir de croisements interspécifiques, le Fusarium, les jaunisses –Beet western yellows virus (BWYV, genre Poleovirus) ; le CMV et le virus des grosses nervures de la Laitue (Mirafiori Lettuce Big Vein virus, MLBVV, genre Ophiovirus) et Sclérotinia,
• le pois pour l’anthracnose du Pois (Aphanomyces euteiches, Mycosphaerella pinodes) et la mosaïque Bean common mosaic virus (BCMV, genre Potyvirus).

Ces résistances partielles polygéniques, intermédiaires, supposées plus « durables » que les résistances monogéniques sont d’actualité dans le cadre du concept d’agriculture à faibles intrants et de l’agroécologie. Ces mécanismes de résistance sont intégrés dans des itinéraires techniques et des systèmes de production complémentaires où les rotations, le complexe argilo humique, la vie biologique du sol et de l’environnement proche et du bassin de production sont des facteurs importants à intégrer.

D’autres stratégies de sélection sont appliquées, les propriétés d’échappement ou d’évitement de la maladie, avec des critères d’architecture de plantes : Exemple en pois potager, sélection de  variétés hautes à bonne tenue de tige, à entre-noeuds assez espacés et  gousses placées vers le haut du couvert végétale. Ainsi, les plantes sont moins affectées par les épidémies d’ascochytose  (due à un complexe de trois champignons : Ascochyta pisi, Phoma medicaginis var pinodella et Mycosphaerella pinodes.