Il a été montré en effet que l'association arbres-cultures est plus productive qu'un assolement séparant cultures d'un côté et arbres de l'autre. Le différentiel de production de biomasse est de 10 à 60%. Un essai agroforestier ancien, conduit par l'INRA, associant peuplier et céréales, a montré qu'une exploitation de 100 ha en agroforesterie produira autant de biomasse que 140 ha sur lesquels les deux cultures sont séparées*. Par voie de conséquence, l'agroforesterie contribue efficacement à la séquestration du carbone, que ce soit dans la biomasse végétale pérenne (aérienne et souterraine) et dans le sol, que par l’incorporation de matière organique via la litière ou le renouvellement des racines fines. Les valeurs de stockage mesurées sont de l’ordre de 0,3 t de CO2eq/ha/an en agroforesterie intra-parcellaire, et près de 1 t de CO2eq/ha/an pour certains bocages**.
La rentabilité d'une culture agroforestière dépend de l'efficacité biologique de l'association. La baisse de rendement des cultures intercalaires est compensée par le produit dégagé à long terme par la vente des arbres à condition que la valeur unitaire du bois produit soit élevée. Avec des allées deux fois plus larges que la hauteur des arbres adultes, permettant de cultiver jusqu'à la coupe de ces dernier, la part du revenu dégagé par les arbres représente entre 30 et 50% du revenu actualisé total.
En culture agroforestière, l'enracinement d'un arbre est plus profond qu'en forêt. Cela lui permet d'être mieux approvisionné en eau, de moins souffrir d'un stress hydrique éventuel et de récupérer en profondeur les nutriments issus de la roche mère ou entrainés par lixiviation. L'absence de compétition entre arbres se traduit en outre par une augmentation de leur croissance en diamètre et par conséquent une réduction de l'âge d'exploitabilité. Enfin, l'arbre modifie et diversifie le microclimat (température, vent, humidité), ce qui favorise la création d'habitats pour des auxiliaires qui pourront intervenir plus efficacement en cas d'attaques de ravageurs des cultures.
* Dupraz C., Liagre F., 2008, Agroforesterie – Des arbres et des cultures. Éditions France Agricole, 410 p.
** Pellerin, S. et al. 2013. Quelle contribution de l’agriculture française à la réduction des émissions de gaz à effet de serre ? Potentiel d'atténuation et coût de dix actions techniques. Synthèse du rapport d'étude. 92 p. INRA.