Développement d’outils de détection et de contrôle de viabilité du nématode des tiges, Ditylenchus dipsaci, sur semences de luzerne (Medicago sativa L.).

26 JuinImage

Développement d’outils de détection et de contrôle de viabilité du nématode des tiges, Ditylenchus dipsaci, sur semences de luzerne (Medicago sativa L.).

Writtern by Céline ANDRO

Le GEVES a mis au point une nouvelle méthode de détection de Ditylenchus dipsaci sur semences de luzerne, par PCR en temps réel ainsi qu’un nouveau test de confirmation de la viabilité des nématodes isolés. Ces méthodes ont été développées et validées dans le cadre du projet Dityluz financé par CASDAR, en partenariat avec l’UFS, la FNAMS et l’ANSES-LSV.

Le nématode des tiges, Ditylenchus dipsaci, est une menace pour la production de semences de luzerne. D. dipsaci étant un organisme de quarantaine sur les semences de luzerne (Directive européenne 2000/29/CE), seules les semences exemptes de nématodes peuvent être commercialisées. Or, la viabilité des nématodes n'est actuellement pas un facteur pris en compte dans le schéma de certification français. En conséquence, les lots de semences sont considérés comme positifs même si tous les nématodes sont morts et ne présentent aucun risque pour la culture, ce qui limite l'application de techniques de traitement alternatives.

Le projet Dityluz (subventionné CASDAR) est basé sur un partenariat multilatéral innovant impliquant les partenaires du secteur semencier (UFS et GNIS) et de la recherche publique (ANSES et GEVES Laboratoires de pathologie et de biologie moléculaire) ainsi que des experts scientifiques et techniques (INRA et FNAMS). Utilisant une diversité de techniques (biologie moléculaire, morphobiométrie, coloration...), le projet Dityluz a permis le développement d'outils de détection et de différenciation de D. dipsaci vivants/morts dans les lots de semences. Une méthode de détection des extraits de semences par PCR (SE-PCR) a été mise au point, basée sur différents principes: la concentration de la population de nématodes par lavage de semences, l'extraction de l'ADN et la PCR en temps réel.

Fig 2. Dépôt d’ADN et lancement de la qPCR pour détecter la présence de D. dipsaci par SE-PCR

 

La méthode a été validée dans un ring test et les critères de performance évalués : le seuil de détection (sensibilité analytique) a été déterminé à un seul D. dispsaci, la sensibilité, la spécificité ainsi que la répétabilité et la reproductibilité ont été déterminées à 100%. Cette méthode, à plus haut débit que la méthode classique basée sur l’observation des nématodes extraits, permet un gain de temps et de capacité d’analyse des lots de luzerne, passant de 60 échantillons à 100 échantillons par semaine, favorisant une libération plus rapide des lots

 

Pour évaluer la viabilité de D. dipsaci, une méthode de coloration a été développée et validée. Elle permet de s’assurer de l’efficacité des méthodes de traitement alternatives.

Les résultats de ce projet ont été communiqués aux entreprises semencières et au Service Officiel de Contrôle à travers l'organisation d'un workshop. Celles-ci pourraient être développées sur d’autres espèces de semences.

Les résultats du projet Dityluz pourront être exploités pour améliorer les mesures opérationnelles du système de certification des lots de semences de luzerne.

Fig 3. D. dipsaci mort (coloré en rouge) et vivant (incolore) après test de viabilité par coloration

Le développement de nouvelles méthodes fait partie intégrante des missions et savoir-faire du GEVES. Ainsi, la méthode SE-PCR et la méthode de coloration de viabilité sont désormais être proposées par le laboratoire du GEVES en tant que prestation de service.

ORGEUR G. et BALDWIN T.K.

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