Stage 6 mois « analyse spatialisée des données »

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Stage 6 mois « analyse spatialisée des données »

Writtern by Agence Kelcible

INTITULÉ DU STAGE :

Intérêt de l’approche « analyse spatialisée des données » dans le cas de l’étude des variétés de betterave sucrière en vue de leur inscription au catalogue officiel français.

CONTEXTE ET PROBLEMATIQUE : Les outils statistiques utilisés actuellement (dispositifs en alpha-plan analysés grâce à une Anova à effets mixtes) pour l’analyse des essais variétés du CTPS*, permettent de contrôler certaines formes d’hétérogénéité environnementale à l’intérieur des répétitions (notamment des gradients) mais manquent parfois de finesse lorsqu’il s’agit de contrôler une hétérogénéité plus irrégulière. Dans ce cas, la précision expérimentale obtenue reste insuffisante et les résultats de l’essai ne peuvent pas être retenus. Parmi les situations qui peuvent engendrer des hétérogénéités difficiles à contrôler, on peut citer les essais soumis à des stress hydrique de forte intensité (en particulier en sols superficiels), les parcelles avec une attaque non homogène par un pathogène du sol, ou bien encore les expérimentations conduites en agriculture biologique (irrégularités liées à des apports de fumure organique ou des enherbements hétérogènes), etc… Afin de garantir la réussite de leur expérimentation, les expérimentateurs ont plutôt tendance à éviter ces situations hétérogènes qui conduisent à des erreurs expérimentales plus fortes. Or, il est important de documenter également le comportement des variétés dans ces situations car elles correspondent à une partie des conditions rencontrées par les agriculteurs, utilisateurs finaux des variétés. Des méthodes d’analyse spatiale des données existent et sont disponibles, notamment sur le logiciel R. Elles ne sont cependant pas utilisées dans le cadre de l’évaluation variétale du CTPS. Leur principe consiste à tenir compte, pour une micro-parcelle donnée, de la valeur des parcelles voisines. De ce fait, elles permettent de prendre en compte la variabilité du caractère étudié au sein des répétitions et d’obtenir des essais plus précis. L’objectif du stage qui se déroule dans le cadre d’un programme d’Appui méthodologique aux sections CTPS – le projet OPTIRES** - est d’évaluer un certain nombre de ces méthodes. Le stage proposé s’intéressera essentiellement au cas de la Betterave sucrière. Pour cette espèce, les méthodes d’analyse spatiale peuvent être très utiles dans des cas de forte pression rhizomanie, de sols contaminés en nématodes ou encore de stress hydrique important. Elles peuvent également permettre d’alléger les dispositifs expérimentaux implantés au champ (diminution du nombre de répétitions) et de travailler avec un plus grand nombre de variétés.

*Le CTPS (Comité Technique Permanent de la Sélection des plantes cultivées) a en charge l’évaluation des nouvelles variétés en vue de leur autorisation de mise sur le marché (= inscription au catalogue officiel). Le GEVES pilote les réseaux d’essais mis en place pour le compte du CTPS.

**Le projet OPTIRES - Optimiser les réseaux d’essais variétés par des méthodes permettant, en particulier, de mieux contrôler l’hétérogénéité spatiale dans un essai – est financé par le Ministère chargé de l’Agriculture (fonds CASDAR) en appui au travail d’évaluation variétale réalisé par les Sections Betterave sucrière, Maïs, Tournesol et Pomme de terre du CTPS. Le cas des espèces autres que la betterave sera exploré en année 2 du projet, sur la base des résultats de ce stage et après acquisition de données expérimentales en 2017.

 

OBJECTIFS GENERAUX DU STAGE / RESULTATS ATTENDUS : • Evaluer l’intérêt de méthodes d’analyse spatiale qui pourraient être utilisées au CTPS pour analyser les résultats d’essais variétés. • Evaluer le gain obtenu par rapport aux méthodes classiques. • Effectuer un choix de méthodes et mettre à disposition des scripts d’analyse. Proposition de stage 6 mois

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE : • Etat de l’art auprès d’organismes évaluateurs de variétés français et européens et sur la base d’une revue bibliographique. • Recensement des packages R déjà disponibles. • Choix d’un nombre limité de méthodes d’analyse jugées les plus adaptées/pertinentes. • Constitution du jeu de données à partir de la base de données du GEVES : récupération des essais validés avec les méthodes actuelles ; recensement des essais non validés et de leurs causes de refus, puis choix parmi ces essais non validés de ceux qui présentent un intérêt pour être réanalysés. • Analyse des essais avec la (les) méthode(s) d’analyse retenue(s). • Comparaison à la méthode actuellement utilisée (alpha-plan latinisé à 4 répétitions) et évaluation sur la base du gain de précision potentiellement obtenu. Evaluation du niveau d’ajustement réalisé par le modèle. • Evaluation des conséquences sur les décisions d’inscription des variétés.

PROFIL REQUIS : • Formation Ecole d’ingénieur agronome avec spécialité statistiques ou Master 2 en statistiques. • Connaissances théoriques : estimation, analyse de la variance à effets fixes et à effets mixtes, analyse des données multivariées. Des notions en géostatistiques seraient un plus. • Compétences opérationnelles : bonne maîtrise des outils informatiques et statistiques (connaissance de R requise, connaissance de SAS appréciée), intérêt pour la modélisation et l’évaluation variétale, rigueur. • Langue : capacité à comprendre des publications scientifiques en anglais.

ENCADREMENT SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE : Partenaire 1 : Stéphane Lassalvy (Responsable), Bruno Richard et Fabien Masson, GEVES Partenaire 2 : Hervé Escriou, ITB Partenaire 3 : François Piraux, Arvalis - Institut du Végétal Partenaire 4 : Célia Pontet, Terres Inovia

CONDITIONS D’EXERCICE : Durée : 6 mois Lieu de stage : GEVES, Unité expérimentale de la Valette, 711, rue Jean-François Breton 34090 Montpellier Allocation de stage : 555 €/mois Restauration : restauration collective sur place, participation de l’employeur aux frais de repas Déplacements : prise en charge selon barèmes GEVES Dates du stage : à partir de mars 2017

CANDIDATURE à adresser par courrier ou par email à l’attention de Stéphane LASSALVY stephane.lassalvy@geves.fr GEVES, Unité expérimentale de la Valette 34090 Montpellier Tél. : 04.67.04.35.81

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