Caractérisation des collections de référence
Dans le cadre de ses missions, le GEVES gère un grand nombre de collections (DHS, pathogènes, adventices, ressources génétiques). La combinaison des outils de la génomique et du phénotypage peuvent permettre de caractériser ces collections, pour en assurer une meilleure gestion.
Les travaux de recherche menés au GEVES concernant les collections de référence DHS sont basés sur une approche combinant des marqueurs moléculaires (SSR, SNP,…) et morphologiques. Ils incluent des études sur le nombre de marqueurs, les seuils à mettre en place, et le calcul de distances génétiques.
Ces travaux de recherche permettent de progresser sur :
- la définition de seuils et de distances génétiques minimales pour la détection de non-conformités (hybrides et lots de semences)
- l’optimisation de la gestion des collections de référence
- l’amélioration de la distinction des variétés
Quelques exemples de projets de recherche
Quelques exemples de projets de recherche menés au GEVES et partenariats concernant la caractérisation des collections de référence :
SNP colza : Test of the potential use of SNPs markers on oilseed rape varieties
Le projet « Test of the potential use of SNPs markers on oilseed rape varieties » porté par le GEVES et mené en partenariat avec le NIAB est financé par l’OCVV. Il vise à tester des marqueurs moléculaires de type SNP sur une sélection de variétés récentes de colza, afin d’évaluer le potentiel de cette approche pour vérifier la conformité des formules parentales ainsi que pour l’aide à l’implantation au champ pour les études DHS sur le colza.
Amédiluze : Amélioration de la DHS luzerne
Il devient de plus en plus difficile de distinguer les nouveautés des variétés de luzerne de la collection de référence du catalogue européen. Cette situation conduit régulièrement, depuis quelques années au refus de variétés ayant des résultats VATE démontrant de réels progrès.
L’objectif du projet Amédiluze, coordonné par le GEVES et financé par le CASDAR, est de proposer de nouvelles pistes pour améliorer cette situation, en étudiant la possibilité d’avoir de nouveaux critères de structuration de la collection ou de distinction ou encore d’améliorer les dispositifs existants. Deux types de nouveaux caractères ont été étudiés : les spectres de réflectance SPIR (spectroscopie dans le proche infrarouge) et les données de génotypage couvrant le génome.
Génotypage des espèces fruitières
Après une première phase de tests sur un petit nombre d’accessions de cerisier, la totalité de la collection de référence a été décrite par le GEVES avec des marqueurs SSR, en collaboration avec l’INRAE de Bordeaux.
Sur abricotier, les développements de marqueurs liés à des résistances et l’autofertilitése poursuivent en collaboration avec l’INRAE d’Avignon.
Enfin, la collaboration avec l’INRAE d’Angers a permis de développer un jeu de marqueurs discriminants pour la collection de référence de poirier. Ces travaux ont été présentés sous forme d’un poster à la Rosaceae Genomics Conference à Angers en juin 2016.
