Groupe d'Etude et de contrle des Varits Et des Semences

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Qualité au GEVES

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Pôle Détection

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1) Présentation
2) Principales activités 
3) Implication à l'international
4) Informations scientifiques 

 

 

 1) Présentation


Depuis 2008, le pôle regroupe les activités de détection faisant appel à des techniques de biologie moléculaire. La détection et la quantification d'OGM et de pathogènes représentent à ce jour un part importante de l'activité. Pour ces deux thématiques, le pôle détection réalise les analyses, élabore et optimise les protocoles. Il mène à bien des programmes de recherche finalisée.


Moyens humains :

  • Responsable de pôle : Thomas Baldwin
  • 7 temps plein - 2 activités :
    • Détection d’OGM
    • Détection de pathogènes et autres séquences

Equipements spécifiques (pour chacune des activités):

Laboratoires dédiés :

  • à la préparation des échantillons (broyage, extraction, dosage...)
  • à la préparation des mélanges réactionnels.
  • à l’amplification

Thermocycleurs point final et temps réel (AB7900, AB7700, BioRad)

 

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  2) Principales activités


La détection et la quantification d’OGM sont réalisées entre autres pour le compte du Ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la pêche, selon les méthodes publiées par le laboratoire européen de référence (European Union Reference Laboratory for GM Food and Feed).

Le personnel de l’activité « détection pathogènes / autres séquences » apporte un soutien et une expertise aux secteurs du GEVES pour l’analyse de la qualité des semences (contrôle sanitaire) et l’évaluation des variétés. L’équipe met en oeuvre, élabore et optimise des protocoles expérimentaux adaptés aux besoins des secteurs du GEVES, elle leur fournit un appui méthodologique et scientifique. Dans sa spécialité ce laboratoire constitue un outil de veille scientifique vis-à-vis de travaux plus fondamentaux pouvant intéresser les secteurs. Elle participe à des programmes de recherche finalisée en collaboration avec des partenaires locaux nationaux et internationaux.

Domaines de compétences :

  • Détection et quantification d’OGM
  • Identification et détection de pathogènes (semences)
  • Détection de gènes de résistance aux bioagresseurs
  • Mise au point et adaptation de méthodes

Activités de routine :

  • L’activité détection d’OGM est basée sur l’utilisation de la PCR en temps réel, 24 méthodes sont utilisées en routine.
  • L’activité détection de pathogènes et autres séquences utilise essentiellement les techniques de PCR
    • 10 protocoles PCR point final
    • 1 protocole PCR temps réel
    • 2 protocoles BioPCR (enrichissement sur milieu semi-sélectif, PCR sur lavage de boite)

Activités de recherche :

Le laboratoire est impliqué dans des programmes de recherche, en interne et en partenariat avec des consortiums nationaux / internationaux.
Dans le cadre des activités spécifiques au GEVES, l’équipe met au point et améliore les méthodes de biologie moléculaire nécessaires à la détection de cibles d’intérêt.
Elle collabore au sein de réseaux internationaux afin de valider et standardiser les méthodes appliquées. Pour cela l’équipe organise ou participe à des circuits interlaboratoires.


3) Implication à l’international


Le laboratoire a participé à l’organisation d’un workshop en 2010 sur fusarium / blé en collaboration avec le laboratoire de pathologie de la SNES.
En tant que laboratoire national de référence, le BioGEVES est présent au sein du réseau européen des laboratoires d’analyse d’OGM (European Network of GMO Laboratories) et de ses groupes de travail. Son expertise est sollicitée lors de rencontres internationales sur le sujet.


4) Informations scientifiques


Rolland, M., . & Pic, E., (2011),. Implementation of the ISO and JRC standards in GMO analysis laboratories, presented during : Simposio Internacional sobre Detección de OGM, México city, Mexico ( invited speaker).

Arens, P., Mansilla, C., Deinum, D., Cavellini, L., Moretti, A., Rolland, S., van der Schoot, H., Calvache, D., Ponz, F., Collonnier, C., Mathis, R., Smilde, D., Caranta, C. & Vosman, B. (2010). Development and evaluation of robust molecular markers linked to disease resistance in tomato for distinctness, uniformity and stability testing. Theoretical and Applied Genetics 120, 655-664.

Papazova, N., Zhang, D., Gruden, K., Vojvoda, J., Yang, L., Gasparic, M. B., Blejec, A., Fouilloux, S., De Loose, M. & Taverniers, I. (2010). Evaluation of the reliability of maize reference assays for GMO quantification. Analytical and Bioanalytical Chemistry 396, 2189-2201.

Zhang, D., Corlet, A. & Fouilloux, S. (2008). Impact of genetic structures on haploid genome-based quantification of genetically modified DNA: theoretical considerations, experimental data in MON 810 maize kernels (Zea mays L.) and some practical applications. Transgenic Research 17, 393-402.

Kerkoud, M., Esquibet, M., Plantard, O., Avrillon, M., Guimier, C., Franck, M., Lechappe, J. & Mathis, R. (2007). Identification of Ditylenchus species associated with Fabaceae seeds based on a specific polymerase chain reaction of ribosomal DNA-ITS regions. European Journal of Plant Pathology 118, 323-332.

Petit, L., Pagny, G., Baraige, F., Nignol, A.-C., Zhang, D. & Fach, P. (2007). Characterization of genetically modified maize in weakly contaminated seed batches and identification of the origin of the adventitious contamination. Journal of Aoac International 90, 1098-1106.

Vautrin, S. & Zhang, D. (2007). Real-time polymerase chain reaction assay for endogenous reference gene for specific detection and quantification of common wheat-derived DNA (Triticum aestivum L.). Journal of Aoac International 90, 794-801.

Hernandez, M., Rodriguez-Lazaro, D., Zhang, D., Esteve, T., Pla, M. & Prat, S. (2005). Interlaboratory transfer of a PCR multiplex method for simultaneous detection of four genetically modified maize lines: Bt11, MON810, T25, and GA21. Journal of Agricultural and Food Chemistry 53, 3333-3337.

Trifa, Y. & Zhang, D. (2004). DNA content in embryo and endosperm of maize kernel (Zea mays L.): Impact on GMO quantification. Journal of Agricultural and Food Chemistry 52, 1044-1048.

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09/02/2017